九校戦の急な競技変更に対応するため、達也は他の生徒会役員とともに多忙な毎日を送っていた。そんなある日、達也のもとに差出人不明のメールが届く。メールには、今回の種目変更が国防軍の圧力によるもの、そして九島家が国防軍の動きに乗じて、秘密裏に開発した兵器の性能試験をスティープルチェース・クロスカントリーで行なおうとしていると記されていた。達也は九島家が行なっている実験の内容を調べるため、九島家の本拠地である奈良へと向う。